【摘要】 将核糖体RNA(rRNA)去除后的总RNA反转录为cDNA经文库构建后进行高通量测序,从而获得某一物种特定器官或组织在某一状态下几乎所有转录本序列,称之为全转录组测序。

将核糖体RNA(rRNA)去除后的总RNA反转录为cDNA经文库构建后进行高通量测序,从而获得某一物种特定器官或组织在某一状态下几乎所有转录本序列,称之为全转录组测序。全转录组测序除了具有mRNA测序相同的应用以外,还可以获得lncRNA(1ong non-coding RNA)的信息。lncRNA是一类长度在200nt以上的不具有蛋白编码功能的RNA分子,起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶Ⅱ转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也引起越来越多研究者关注。

 

Ren等人通过对中国人群前列腺癌的全转录组测序分析鉴定基因融合、癌症相关IncRNAs和异常可变剪切。研究者对14对样本的非编码RNA进行分析,在每个样本中平均发现了1599个已知的lncRNA;通过肿瘤样本和正常对照样本进行分析,发现了406个有差异表达的lncRNA。此研究发现了中国人群特异的融合基因,同时还鉴定了大量的差异表达的IncRNA,通过对1ncRNA和基因表达的关系分析显示,lncRNA有可能具有转录调控之外的其他功能。

 

定向转录组测序,又称为链特异性测序(strand-specific RNA sequencing),是一种能够区分正义链或反义链信息的方法,通过定向转录组测序,可以对转录本实现更精确的定量,更准确的基因注释,挖掘出更多的ncRNA (non-codingRNA)信息及更有效地发现反义转录本,对于转录组的功能分析具有十分重要的意义。Passalacqua等人通过对炭疽杆菌转录组定向测序揭示了其正义及反义转录模式,研究人员发现反义转录占据了炭疽杆菌基因组的2/3,且正义及反义转录随着生长条件的改变而改变。

 

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