【摘要】 基于质谱(MS)的蛋白质组学提供了一种独特而强大的方法以研究生物样品的蛋白质组学特征。

肝脏是哺乳动物身体的代谢中心，也是体内最大的内部器官。肝脏具有复杂的结构，可以确保肝脏微环境中不同类型的肝细胞(HCT)适当相互作用。HCT能够执行广泛的生物学功能，如氨基酸、脂肪酸和碳水化合物代谢；胆汁酸和激素的合成；脂蛋白生物合成等。然而，科学界尚未在一项研究中应用所有HCT的功能特性。

基于质谱(MS)的蛋白质组学提供了一种独特而强大的方法以研究生物样品的蛋白质组学特征。肝脏蛋白质组学研究面临的困难包括肝脏蛋白质组的高度复杂性和代谢酶的高丰度性，这可能会排除低丰度蛋白质的覆盖范围。此外，肝脏含有大量循环血液，可以显着影响蛋白质组的覆盖范围和量化。早期的研究是通过二维凝胶电泳进行的，通常只鉴定了几百种蛋白质。基于液相色谱-串联质谱的蛋白质组学已应用于肝脏蛋白质组，但此类研究最初仅限于2000至3000种已鉴定的蛋白质。“Liverbase”是人类蛋白质组组织(HUPO)的一个公共数据库，它总结了这些研究，目前包含6,788种生理条件下成人肝脏的蛋白质。肝脏在全身生理学中的重要作用以及相对容易获得大量肝裂解物的特性使其成为一个有吸引力的器官，它不仅能够用于均质器官的表达蛋白质组学研究，而且能够用于亚细胞结构以及翻译后修饰的分析。

近年来，基于MS的蛋白质组学流程（包括样品制备、液相色谱和质谱硬件以及数据分析）的重大改进已经使细胞系的蛋白质组覆盖范围显著扩大。

 

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