【摘要】 背景技术泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应，娱乐和浴疗法，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。

背景技术泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应，娱乐和浴疗法，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点（包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境）的四个采样点上对Comano Terme（意大利）的泉水微生物组进行了表征。我们综合了大规模培养和宏基因组学方法，旨在全面确定泉水生物分类学组成和功能潜力。结果春季补给的地下水中微生物最为典型，其中包括许多已知对耕作不利的分类单元。核心微生物组包括Sphingomonadales，Rhizobiales和Caulobacterales，以及缓生根瘤菌科和莫拉氏菌科。对72个分离株和30个元基因组组装的基因组（MAG）进行的比较基因组分析表明，大多数分离株和MAG属于新物种或在生物生命树中广泛分布的更高分类学等级。为每个分离或组装的基因组计算的平均核苷酸同一性（ANI）值显示，有10个基因组属于已知细菌种（> 95％ANI），36个基因组（包括1个MAG）的ANI值在85-92.5％之间，可以指定为未描述物种属于已知属，而其余55个基因组的ANI值较低（<85％）。在来自四个采样位点的基因组中，许多功能特征明显过高或过低。在站点之间发现功能专业化，例如甲烷的生成是地下水特有的，而甲烷氧化在所有样品中均被发现。结论当前关于水生生物群系的知识基本上基于表面或人类相关环境。我们开始发现泉水微生物组，着重指出了意料之外的多样性，应进一步研究。这项研究证实，地下水环境拥有高度适应的，稳定的微生物群落，该群落由许多未知的分类单元组成，即使在可培养部分中也是如此。

 

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