【摘要】 药物与靶蛋白相互作用以发挥其作用，药物的吸收、分布、代谢和排泄(ADME)涉及与蛋白质的相互作用

药物与靶蛋白相互作用以发挥其作用，药物的吸收、分布、代谢和排泄(ADME)涉及与蛋白质的相互作用，如转运蛋白、代谢酶和血蛋白。因此，蛋白质是用于预测药物疗效和不良反应的生物标志物的有力候选者。蛋白质组学是鉴定蛋白质生物标志物不可或缺的方法。蛋白质组被定义为细胞、组织或生物体中的整套蛋白质，蛋白质组学是指对蛋白质组的研究，即对蛋白质的大规模研究[1]。由于蛋白质组学在许多研究中使用质谱(MS)，因此蛋白质组学也指通过质谱分析蛋白质的方法。蛋白质组学最初是用于鉴定样品中的蛋白质。由于快速和持续的发展，蛋白质组学现在可以用来全面比较样品中蛋白质的表达。此外，高灵敏度的靶向蛋白质组学已被开发用于蛋白质定量。本文介绍了基于质谱的蛋白质组学的基本原理和应用，并详细介绍了近年来用于预测药物疗效的蛋白质生物标志物的研究结果。我们讨论了我们的研究结果，预测癌症患者对选定的治疗药物的反应和药物之间的相互作用，通过抗生素诱导的肠道失调。

蛋白质组学是指对蛋白质的大规模研究，提供组织、血液和细胞样本中蛋白质的全面和定量信息。在许多研究中，蛋白质组学采用液相色谱-质谱法。蛋白质组学已经从蛋白质鉴定的定性方法发展到比较蛋白质表达的定量方法，目前分为两种不同的方法:定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学。定量蛋白质组学全面鉴定样品中的蛋白质，提供大规模比较蛋白质表达谱的定量信息。靶向蛋白质组学同时只对目标蛋白进行定量，具有较高的灵敏度和特异性。因此，在生物标志物研究中，定量蛋白质组学用于生物标志物候选物的鉴定，靶向蛋白质组学用于生物标志物的验证。了解每种方法的具体特征对于进行适当的蛋白质组学研究非常重要。本文介绍了定量蛋白质组学和靶向蛋白质组学的不同特点及其应用，并讨论了近年来蛋白质组学在药物疗效生物标志物鉴定和验证方面的研究成果。这些发现可能使我们能够通过肠道微生物组的变化来预测癌症治疗和药物-药物相互作用与抗生素的结果。

[1] Masuda T, Mori A, Ito S, et al. Quantitative and targeted proteomics-based identification and validation of drug efficacy biomarkers[J]. Drug Metabolism and Pharmacokinetics, 2020, 36.