【摘要】 通过空间分辨蛋白质组分析了解肿瘤异质性对于生物医学研究和临床应用具有重要意义

通过空间分辨蛋白质组分析了解肿瘤异质性对于生物医学研究和临床应用具有重要意义[1]。激光捕获显微切割 (LCM) 是一种强大的技术，可在不丢失空间信息的情况下探索局部细胞群[2,3]。传统上，在 LCM 之前，组织切片会用苏木精和伊红 (H&E) 进行染色，以进行细胞类型鉴定。然而，它通常需要经验丰富的病理学家来区分不同的细胞类型，这限制了LCM在广泛的癌症研究领域的应用。设计了基于免疫组织化学 (IHC) 的工作流程，用于组织样本的细胞类型解析蛋白质组分析。首先，通过 IHC 使用针对细胞类型特异性标记的抗体来标记目标细胞类型，以提高 LCM 的准确性和效率。其次，为了提高化学交联 IHC 组织中的蛋白质回收率，我们优化了去交联程序，以与基于旋转吸头的集成样品制备技术 SISPROT 无缝结合。这种新开发的方法称为 IHC-SISPROT，其性能与基于 H&E 染色的蛋白质组分析相当。通过与数据独立采集蛋白质组学相结合，实现了 IHC-SISPROT 的高灵敏度和重现性。仅从 0.2 mm2 和 12 mm 厚度的肝细胞癌 (HCC) 组织切片中就鉴定出超过 3500 个蛋白质。此外，使用 5 mm2 和 12 mm 厚度的 HCC 组织切片，从癌细胞和癌组织中定量出了 6660 和 6052 个蛋白质组。通过 IHC-SISPROT 工作流程检测相关成纤维细胞 (CAF)。生物信息学分析揭示了细胞类型特异性配体和受体的富集，以及这些信号蛋白在癌细胞和 CAF 之间潜在的新通讯。因此，IHC-SISPRO 是一种灵敏且准确的蛋白质组学方法，用于对组织中的细胞类型特异性蛋白质组进行空间分析。蛋白质相互作用分析揭示了局部 HCC 微环境中癌细胞和 CAF 之间的潜在串扰。总之，IHC-SISPROT 对于甲醛交联组织样品的细胞类型特异性蛋白质组分析很有前景。

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