【摘要】 在不改变反应混合物或额外添加酶的情况下,可以同时实现双信号放大。

抗生素耐药基因(ARGs)存在于生物体中,由表达不同蛋白酶的特定基因编码,以代谢抗生素并使抗生素无效。各种环境媒体,包括河水、生活污水、污水处理设施、农场、池塘和湿地。

 

与许多化学污染物不同,ARGs可以在整个环境或宿主体内传播。ARGs不仅可以通过垂直基因转移在宿主微生物中传播,还可以通过水平基因转移传播,提高致病菌的抗性。为了准确评估ARGs在环境中的传播,必须尽快开发一种快速、简单和负担得起的检测方法。

 

Wang等人[1]设计了一种新型SERS传感器,结合双循环放大策略,显著提高了对痕量ARGs的检测灵敏度。作为广泛分布的ARGs之一,具有26个碱基代表性基因片段的bla-TEM被选择作为本概念验证研究的模态分析物。提出的分析方法包括富集、信号放大和SERS检测。

 

在富集过程中,bla-TEM被磁珠(MB)表面的识别DNA链(DNA-1)和基于Hg2+适配体的捕获链(DNA-2)捕获,然后进行磁分离富集。因此,获得的bla-TEM与复杂样品分离,有效地避免了基质干扰。

 

在扩增过程中,基于Hg2+适配体的捕获链发生缺口/聚合扩增,获得累积的触发DNA链。为了实现双信号放大,将另一个发夹(DNA-3)作为捕获的DNA修饰到MBs表面。

 

同时,将拉曼信号分子标记的识别DNA (DNA-4)和信号DNA (DNA-5)共同修饰在金纳米颗粒(AuNPs)表面,作为SERS探针。DNA-3的发夹结构被释放的触发链打开,然后与DNA-4杂交。在聚合酶和缺口酶存在的情况下,缺口/聚合过程发生,触发链再次释放。

 

因此,在不改变反应混合物或额外添加酶的情况下,可以同时实现双信号放大。在检测过程中,将MBs表面富集的SERS探针与反应溶液进行磁分离,然后采样到拉曼光谱仪中。在激光激发下,利用拉曼信号可以对bla-TEM进行定性和定量分析。

 

由于采用SERS方法和核酸信号扩增技术,所建立的检测方法具有灵敏度高、LOD可达0.02 zM、操作简便、室温反应快速(分析时间在60 min以内)、在实际环境样品中成功应用等明显优点。

 

图1 (a)合成AuNPs的粒径分布(插图:合成AuNPs的TEM图像);(b) SERS探针的粒度分布(插图:获得的SERS探针的TEM图像);(c)捕获DNA、ROX-DNA、AuNPs和SERS探针的紫外可见光谱。

 

图2 磁性SERS传感器结合双循环放大检测痕量bla-TEM的原理图。

 

图3 (a) pH的影响;(b)反应温度;(c) KF聚合酶的浓度;(d) 刻蚀酶浓度对拉曼强度的影响。bla-TEM的使用浓度为1am。

 

AuNPs和SERS探针的透射电镜图如图1所示。分散良好的AuNPs呈纳米球形,直径约为15.38±1.41 nm(图1a)。经DNA修饰后,得到的SERS探针尺寸略有增加,为16.87±1.40 nm(图1b)。如图1c所示,获得的SERS探针显示出DNA和AuNPs的特征吸收峰,证实了SERS的成功制备。

 

图2概述了环境样品中痕量bla-TEM检测的检测分析,包括富集、扩增和检测过程。利用生物素与链亲和素的强亲和力,将识别DNA链(DNA-1)修饰到MB的表面。通过T-Hg2+ T配对,DNA-2形成了发夹结构。通过碱基配对,样品中的ARGs和相应数量的发夹DNA-2可被MBs-DNA-1捕获。

 

由于pH和温度是影响DNA杂交和酶活性的两个关键因素,因此首先研究了它们的作用。如图3a所示,随着pH的升高,SERS强度增加,并在pH= 7.4时达到峰值。

 

因此,后续实验选用pH= 7.4。在25℃、30℃、35℃、37℃、40℃和45℃不同温度下SERS强度的变化如图3b所示。当温度从25℃升高到37℃时,SERS强度呈现相应的增加趋势。然而,当温度超过37℃时,SERS强度开始下降,因为温度过高会影响酶的活性。

 

综上所述,该研究提出了一种灵敏度超高、选择性好、操作简便的新型SERS传感器,用于环境样品中痕量ARGs的检测。该方法由两条DNA链修饰的MBs、一条基于Hg2+适配体的捕获链和一个SERS纳米探针组成。

 

由于MBs表面的捕获DNA和基于Hg2+适配体的捕获链具有良好的识别能力,目标ARG被选择性捕获并通过磁分离富集。然后,将捕获的ARG在聚合酶、缺口酶和SERS纳米探针的辅助下进行双核酸信号扩增检测。

 

可行磁分离后,获得MBs表面积累的SERS纳米探针,用于拉曼检测,实现定性和定量分析。核酸信号扩增实验显示,SERS信号明显增强。此外,富集的检测探针可以通过两次简单的磁分离获得,并且整个扩增过程在等温条件下发生在一个点上,避免了费力的温度变化或分离过程。

 

[1] Q. Wang, C. Jiang, Y. Zhang, M. Li, X. Shi, Y. Zhang, F. Tian, F. Li, L. Ren, S. Zhang, X. Song, SERS sensor combined with the dual DNA cycling amplification assay for the sensitive detection of antibiotic resistance gene in environmental samples, Sensor Actuat B-Chem 396 (2023) 134599.

 

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