【摘要】 若想用一个值衡量整体的结构改变程度，通过均方根偏差（Root-mean-square deviation，RMSD）值来评估是最恰当也是最省事的。

 

若想用一个值衡量整体的结构改变程度，通过均方根偏差（Root-mean-square deviation，RMSD）值来评估是最恰当也是最省事的。RMSD的定义如下：

 

 

 

其中，Nα是用于和其位置相比较的一系列原子；Nt是用于比较一系列时间步骤内的原子位置；rα(tj)是α原子在时间tj时的位置；而< rα>表示α原子与rα(tj)位置间的平均值。

 

此处将通过免费软件VMD来演示如何将两个结构进行叠合，并计算RMSD值。

 

1.载入蛋白质

 

将模板蛋白质和目标蛋白载入到VMD窗口中。为直观比较，将两个结构采用不同的颜色进行绘制（具体可点击往期推文链接前往查看 VMD-分子结构可视化）。可以看到此时结构并未对齐。

2.叠合

 

选择Extensions - Analysis - RMSD Calculator，将左上角文本框内的内容改为all，点击Align，在图形窗口可看到两结构已经高度叠合。

 

3.计算RMSD

 

点击RMSD Tool窗口中的RMSD选项，显示出两结构间的RMSD值。当前窗口看到的情况如下所示，可见RMSD是6.378Å。

 

 

4.局部叠合

 

也可对蛋白的部分区域进行叠合和计算RMSD。例如，想对氨基酸16-21区域进行叠合时，在文本框内输入residue 15 to 20，叠合并计算，RMSD值变为1.979Å。

 

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