【摘要】 今天介绍的是VMD中的一个插件Bendix，它结合了绘图方式“Cartoon”的抽象层次和“NewCartoon”的构象细节。

01展示蛋白中的螺旋结构

 

打开VMD并载入2gum.pdb，Graphics > Colours，选择Display，设置Background颜色为8 white。

 

通过Graphics > Representations设置为下图所示。

 

 

02Bendix展示螺旋结构

 

Extensions > Visualization > Bendix，保持默认设置，点击底部的绿色绘制按钮，得到下图所示结构；

 

 

03设置统一着色

 

Helix features > Uniform color，勾选“full seletion”进行统一着色，也可勾选“by chain”用于多聚蛋白的着色；

 

 

04热图

 

“Heatmap color”显示热图。默认的颜色方案为RGB，红色表示螺旋轴线角度最高的区域，绿色表示中间角度大小，蓝色表示接近或处于0度的角度。

 

 

通过编辑“Color threshold”来改变角度显示为最大角度颜色的阈值。默认设置为20度，这意味着任何大于或等于20度的螺旋角都以红色表示。增加阈值，则红色区域减少，只有高度弯曲的螺旋区域保持红色。通过不断调整阈值，直到没有红色或只有少量红色残留，可以很好地了解螺旋的弯曲程度。如果螺旋不是特别弯曲，可以降低颜色阈值，来强调存在的曲率。

 

05绘制non-Bendices

 

“Rep 0”表示显示（勾选）或隐藏蛋白质的第0个图形表示。在本例中，第0个表示是“NewCartoon”。勾选相邻的三个选项，此时图形表示窗口出现一个新行，此时可对其进行更改。

 

 

06高级设置

 

点击Bendix窗口左下角的Settings按钮，Bendix窗口扩大，显示更多的设置。可选择不同的分子、设置主干残基、以及设置粗粒化分子的粗粒度等等。

 

 

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