【摘要】 本期推送的是BioExcel (Centre of Excellence for Computational Biomolecular Research)的2021 BioExcel暑期学校生物大分子方向的内容。

 

本期推送的是BioExcel (Centre of Excellence for Computational Biomolecular Research)的2021 BioExcel暑期学校生物大分子方向的内容。

 

主要包含如下：

 

1.Integrative modelling of biomolecular complexes - Part 1

 

2.Integrative modelling of biomolecular complexes - Part 2

 

3.Basis of molecular dynamics simulations - Part I

 

4.Basis of molecular dynamics simulations - Part II

 

5.Computational biomolecular simulation workflows with BioExcel Building Blocks -Part 1

 

6.Computational biomolecular simulation workflows with BioExcel Building Blocks -Part 2

 

7.Introduction to QM MM - Part 1

 

8.Constant pH molecular dynamics in GROMACS

 

9.Modeling molecular recognition through enhanced-sampling methods - Part 1

 

10.Modeling molecular recognition through enhanced-sampling methods - Part 2

 

11.Alchemical free energy calculations using pmx

 

12.Molecular dynamics meet docking_ A use case on antibody design

 

13.Accelerating sampling in GROMACS with the Accelerated Weight Histogram method

 

其中如果你对目前生物大分子复合的相关建模还比较迷茫，可以看看1,2.

 

如果你对分子动力学模拟的基础概念不太清楚，可以看看3,4，啥是力场，啥是系综，热浴又是什么东西？

 

BioExcel重点是研究生物大分子相关的内容，所以在他们的各种研讨会讲习班都会讲QM/MM，大家可以看看7先了解一下他们这些职业玩家是怎么做大分子的QM/MM的，也许你会觉得手中的Gaussian做ONIOM计算变得不香了。

 

然后其他一些涉及到软件具体应用的部分，大家可以根据自己需要查看。如果BioExcel的教程比较符合大家胃口，后续会搬运更多BioExcel的研讨会和讲习班资料。

 

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