【摘要】 scChIP-seq具有高度集成化、自动化优势，但微流控芯片使用成本较高，且微流控液滴操作对实验人员有较高技术要求。

染色质免疫共沉淀与测序技术（ChIP-seq）在测试过程中需要用到大量细胞，应对稀少样本，不能提供足够多细胞的情况时，在免疫共沉淀过程，可能受到甲醛交联，非特异性结合的影响。DNA片段中GC含量过高或过低，将导致PCR扩增偏倚，影响测序质量。近年来研究人员对ChIP-seq技术进行了改良。

流式细胞分选（fluorescence activated cell sorting，FACS）是利用鞘液包裹细胞形成样品流，通过流式细胞仪检测细胞携带的荧光信号，由分选器将特定的细胞从样本中分离出来。Amour等人通过FACS将细胞分离到含有裂解缓冲液的反应池中，进行细胞核分离与MNase酶切，提出基于MNase酶切的非交联免疫共沉淀ChIP-seq技术（nultra low input micrococcal nuclease-based native ChIP，ULI-NChIP），该技术适用于微量样品建库测序。他们发明的方法利用连续装置简化实验操作流程、减少分离纯化过程的洗涤次数，降低样品损失，利于在少量细胞中进行ChIP-seq实验。

微流控芯片通过产生非连续的液滴包裹单个细胞，实现单细胞分离。Rotem等人基于液滴微流控芯片建立scChIP-seq（single-cell ChIP-seq）即在具有多通道结构的芯片上，细胞裂解缓冲液包裹着标签序列与单细胞悬液汇聚并通过油相，形成“油包水”液滴，液滴内发生细胞裂解反应，随后与含MNase的凝胶微珠融合进行染色质片段化，进一步对数千个单细胞独立建库。scChIP-seq具有高度集成化、自动化优势，但微流控芯片使用成本较高，且微流控液滴操作对实验人员有较高技术要求。

 

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