【摘要】 随着高通量测序技术的发展以及测序成本不断降低，染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq被广泛使用。

随着高通量测序技术的发展以及测序成本不断降低，染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq被广泛使用。ChIP-seq通常需要数百万个细胞，染色质免疫共沉淀和测序文库制备包含多个实验步骤，研究人员利用流式细胞术、微流控芯片等技术分离少量细胞或单细胞，优化染色质片段化、免疫共沉淀以及测序文库构建等实验流程，通过特异性抗体引导将MNase或Tn5转座酶间接结合到目的蛋白，并在蛋白结合位点附近使染色质断裂，替代了ChIP-seq染色质片段化和免疫共沉淀操作，简化实验操作流程，实现了少量细胞或单细胞水平的ChIPseq检测。

组蛋白修饰主要发生在组蛋白的N端，核小体组蛋白被DNA环绕，两者结合较稳定。转录因子一般具有DNA结合结构域，识别靶基因并以序列特异性方式结合DNA，转录因子与DNA相互作用通常是动态的。根据目的蛋白与DNA结合特性，ChIP中制备染色质片段的方式不同，主要包括甲醛交联染色质免疫共沉淀（formaldehydecross-linking and sonication followed by chromatin immunoprecipitation，X-ChIP）和非交联染色质免疫共沉淀（native chromatin immunoprecipitation，N-ChIP）。

甲醛能交联固定蛋白与DNA，X-ChIP通过甲醛交联与超声处理形成可溶性染色质片段，利用特异性抗体沉淀目的蛋白与DNA复合物，通过解交联、蛋白酶消化等分离纯化DNA，常用于检测转录因子与DNA的相互作用。N-ChIP一般无需甲醛交联，MNase使染色质在连接DNA区域断裂，形成以核小体为单元的染色质片段，酶切后采用组蛋白修饰特异性抗体进行免疫共沉淀并分离纯化DNA，常用于组蛋白修饰的检测。

 

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