【摘要】 染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中DNA相互作用的经典方法。

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中DNA相互作用的经典方法。现在，染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术更是被广泛使用。下面介绍几种改良后的ChIP-seq技术。

1、基于酶切优化的ChIP-seq技术

lambda核酸外切酶、RecJf核酸外切酶具有5'-3'外切酶活性，分别作用于双链DNA和单链DNA，水解核苷酸之间的磷酸二酯键。Pugh等人将两种核酸外切酶引入到X-ChIP实验，提出了ChIP-exo（ChIP combined with lambda exonuclease digestion）技术。这种方法是在特异性抗体沉淀目的蛋白与DNA交联复合物之后，通过lambda核酸外切酶消化，使双链DNA断裂末端最大程度的靠近蛋白，减少背景干扰，提高蛋白质结合区域分析的准确性。进一步解交联、分离纯化DNA，利用RecJf核酸外切酶消化单链DNA，减少背景噪音。ChIP-exo核酸外切酶处理，有利于提高检测转录因子结合位点的分辨率。

2、基于免疫共沉淀优化的ChIP-seq技术

染色质免疫共沉淀实验过程中，通常使用磁珠富集抗体、蛋白和DNA复合物，但难以避免非特异性结合的影响。Zhu等人基于微流控芯片优化ChIP实验操作流程，提出MOWChIP-seq（microfluidic oscillatory washing-based ChIP-seq）技术。这种技术是将超声处理的染色质载入芯片，采用偶联有目的蛋白特异性抗体的磁珠富集可溶性片段。通过控制芯片上微量流道内样品与磁珠的流动速度，促进两者混合均匀，提高免疫磁珠的捕获效率。另外利用微流控振荡辅助，降低非特异性结合，提高结果准确度。MOWChIP-seq通过结合免疫磁珠、微流控芯片对样品进行分离与富集，具有试剂和样品消耗量少、自动化等优势。

 

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