【摘要】 MS 中支持分子力场算法的模块主要是 Discover 和 Forcesite 这两个

模拟计算MS 中支持分子力场算法的模块主要是 Discover 和 Forcesite 这两个,其中 Forcesite 提供了目前几乎全部的分子力场算法,比如 COMPASS、PCFF、CVFF 以及Universal等。

 

1.Consistent force field-COMPASS 和 PCFF

自洽场分子力场计算方法包括 CFF91,PCFF,CFF 以及 COMPASS,是第二代半经验力场算法,其能量计算包含了交叉耦合作用校正。COMPASS之前我们已经有过介绍,这里就不再赘述。

PCFF是基于CFF91构建的,主要增加了聚合物,金属以及分子筛体系方面的计算参数。总的来说自洽场分子力场计算方法还是适合于计算主族元素之间形成的化合物,而且这些物质成键必须是正常的方式。

 

2.CVFF 和 CVFF

CVFF 是一种典型的较早应用的分子力场算法,在 MS 的 Discover 模块中在进行分子动力学模拟时默认计算方法就是 CVFF,这个算法包含了部分非简谐作用以及能量耦合作用项,但不是全部。CVFF 算法应用广泛,因此其计算是可靠的,主要用于计算多肽和蛋白质结构。CVFF auq 是 CVFF 的增强版本,增加了非键结合的校正,计算范围也扩大到硅酸盐,铝硅酸盐和粘土等。

 

3.Dreiding

这是一类比较特殊的分子力场计算方法,适用范围也很广,可用于计算有机大分子,各种有机化合物以及由主族元素构成的无机化合物,同时还有一个特点就是可以计算一些缺乏实验数据的新结构化合物,包括成键特殊的物质,但必须是以上物质范围内的。

 

4. Universal

适用范围最广泛的计算方法,对元素周期表内的所有元素适用,因此一般结构都可以采用这个算法。

 

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