【摘要】 用输入、输出、频率、结构和版本信息清单整理计算源文件,支持结果复查、交接与后续续算。

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计算源文件的价值不在于“文件越多越好”,而在于任何一个结果都能回到对应的模型、参数和原始记录。无论结果将用于投稿、组内讨论、委托交接还是后续续算,只有最终图而没有输入输出、结构和处理说明,往往无法确认数字来自哪个构型或设置。

 

源文件如何进入复核流程

科学指南针·唯理计算的计算交付流程包括 5 步深度审核、4 维核查。对使用者而言,更重要的是在开始前把文件按类型归档:输入文件记录参数和模型,输出文件记录收敛和计算过程,频率文件用于检查稳定性,结构文件用于核对坐标,版本信息帮助他人理解运行环境。该流程是文件复查的组织方式,不构成对任何期刊或结果的保证。

文件类型

用途

交接时应确认什么

输入文件

复现模型和参数

泛函、基组、自旋、收敛条件是否可见

输出文件

检查过程和最终状态

计算是否完成、关键数值能否对应图表

频率文件

复核结构稳定性或过渡态

分析对象和判断规则是否记录

结构文件

复查坐标与构型

格式、原子顺序和构型名称是否清楚

版本信息

理解软件环境

软件名称、版本和关键模块是否留存

 

准备文件时先建立索引

建议以“体系-构型-计算步骤”为目录逻辑,而不是把不同版本的文件放在同一个文件夹。每个构型至少有一个稳定名称,能够关联输入、输出、结构和图表数据。若有多个吸附位点、不同自旋态或多次优化,应把对照关系写在索引表中。这样后续发现一条曲线异常时,可以快速定位到对应计算,而不是依靠文件修改日期猜测文件归属。

四项准备检查

1.每张图是否能追溯到一组输入、输出和数据表。

2.结构文件是否与图表或正文中的构型名称一致。

3.参数、版本和收敛标准是否有明确记录。

4.续算、改模型或交接时所需文件是否被单独保留。

需要检查计算结果本身,可阅读DFT结果质检;需要定义最终交付的追溯关系,可查看计算可复现交付

 

常见问题

只保存最终能量和图片够吗?

通常不够。没有输入输出和结构信息,难以检查参数、模型和图表数据是否对应,也不便于后续复算。

频率文件什么时候需要保留?

当频率分析参与稳定性或结构判断时,应保留相应记录与说明;它不能被其他图表自动替代。

文件命名最重要的原则是什么?

让同一构型的输入、输出、结构和结果可以相互定位,并在对照体系之间保持一致命名规则。