【摘要】 使用MS，用哪个版本的Windows操作系统比较好？

问题1：使用MS，用哪个版本的Windows操作系统比较好？

答：推荐用win7，这是毫无疑问的。低版本的Windows操作系统如XP，MS 6.0还支持该操作系统，MS 6.1开始就不再支持该操作系统，就是说，MS 6.1在XP上安装不了。高版本的Windows操作系统，如win 10，低版本的MS可能不支持。

 

问题2：使用哪个版本的MS比较好？

答：MS更新比较快，截止目前（2017年04月13日），最新的版本已经更新到MS 2017 R2了。本人用过MS 5.0、5.5、6.0、6.1、7.0、8.0、2016，个人觉得随着MS版本的更新，其功能、操作界面、展示效果都会有变化，特别是当一些重磅的更新发布后，更能感受到版本更新前后的差异。举个例子，我对MS 8.0的更新印象尤为深刻，MS 8.0彻底移除了低效、蹩脚的Discover模块，习惯于使用MS 6.0的人，会惊讶地发现MS 8.0中没有Discover模块了，那些关于Discover模块的教程，在MS 8.0中无法使用了（关于Discover模块的一些问题，诸如为什么被移除、跟Forcite的区别等等，后面我会再提到）。

一般说来，新版本的MS，无论是在功能涵盖的广度上，还是计算的效率上，都胜过旧版。但对于MS版本的选择，个人建议，不一定追求最新，选择主流的版本即可（除非你的问题只有在最新版中才能解决），原因在于主流版本在功能上已经足够完善，能够满足绝大多数要求，同时使用者较多，便于问题交流。最后，推荐主流的MS版本如下：MS 7.0、8.0、2016。

注：在非常陈旧版本（具体版本号未查，估计4.0左右）的MS中，MD的结果分析是在Discover模块的analysis中进行的，后来随着MS版本的更新，analysis功能从Discover模块上移除，成为了Forcite模块的组成之一。再后来，随着MS 8.0的发布，甚至连Discover这个模块都被移除出软件了。

 

问题3：新手学习MS，有没有好的教程？

答：不管学习什么，找一份好的教程来参考，非常重要，好的教程学习层次由浅入深，能让人快速上手，少走很多弯路。新手学习MS，最好、且没有之一的教程，其实很好获得，不需要在网上苦苦搜索，这个教程就是所用MS自带的官方教程。即在MS主界面中→Help→Tutorials中提供的官方教程。现在小木虫中，有大量所谓的MS教程，其实就是上述官方教程的中文翻译版而已。这些教程适用的MS版本不一，发布的年代跨度也很大，质量参差不齐，内容长度不一，让人眼花缭乱，有的教程的内容已经严重过时，教程上的内容，在学习者的软件上找不到对应的选项、按钮；有的教程翻译时跳过了一些步骤，让初学者难以适从；有的教程甚至存在内容错误等问题。

跟着教程做完两件事情即可：一，熟悉MS软件的界面，知道软件中各个英文选项的大概意思；二，学会基本的软件操作，包括打开、保存、关闭软件，新建project、新建xsd、std等文件，知道如何绘制分子、构建晶胞。学会这两件事情之后，就可以放下中文教程，打开MS自带的官方教程，对自己需要使用的或者感兴趣的模块，对照官方教程一步步操作学习了。

最后，总结一下使用官方教程的好处： 其一，跟软件版本适用性好，这很好理解，因为你看到的MS官方教程本身就是针对你目前使用的MS版本所编写的，不存在过时、教程跟软件无法对应的问题；其二，内容基础、全面，层次分明，由浅入深，循序渐进；说到内容全面，官方教程中会对各个模块的选项、子选项做说明，包括对选项的意义、适用条件、取值参考范围等的说明，官方教程中还会给出各个模块的参考文献，指出其理论依据（发过论文的同学，想必都知道这些参考文献的用途），这些都是其他教程难以述及的细节；其三，MS软件界面本身就是英文的，按官方教程直接操作软件，衔接性好、操作流畅，便于养成良好的操作习惯。

 

问题4：如何查找跟自己研究内容相关并且使用MS作为研究工具的文献？

答：就像大家都知道的那样，对于文献检索，一个通用的方法就是使用谷歌学术。比如对于这个问题，可以在谷歌学术中，以研究内容和“materials studio”作为关键词进行搜索，获得满足要求的文献。对于这个问题，除了用谷歌学术，还有更好的方法吗？

我的回答是肯定的：http://references.accelrys.com/，对，使用这个链接来搜索。下面举个例子。 近几年，石墨烯可谓大红大紫，是学术研究的热点。在链接http://references.accelrys.com/中，以graphene（石墨烯的英语单词）作为关键词进行搜索，即可轻松得到如下图的结果：

 

 

从图片可以看到，搜索结果列出了文献的标题、作者、采用的MS的模块名、发表期刊、发表时间等信息，点击某篇文献的标题，将立刻跳转到该文献的下载界面，便于下载阅读。除了上述信息，位于搜索结果左侧的那些统计信息的参考价值更大。图中①标记的是用MS研究石墨烯的文献的模块使用情况，可以看到，这些文献使用量子力学（Quantum Mechanics ）的模块最多，且尤其以DMol3模块的使用频率为最高。②标记的是从2001年以来用MS研究石墨烯的热门程度，从图中可以看到从2008年来，这类研究逐渐转热（数字“2008”粗体，且大字体），最近的五年（2012~2016年）研究的热度一直保持高位，而且在最近的五年中，尤其以2015年发表的相关文献最多（数字“2015”粗体，且字体最大）。③标记的是这类文献的研究关键词，可以为了解研究分支方向的热门程度提供参考。

当我们打算用MS来为自己的研究做点什么时，有一个首先要回答的问题：MS模块那么多，到底用哪个（些）模块？确实，这是一个重要的问题，MS模块那么多，不可能也没有必要每个模块都学。此时，①标记的模块统计信息就很有参考价值。文献是前人研究的成果，具有一定权威性，跟着文献做，至少方法上的可行性很高，不容易走上走不通的路；文献中的计算方法、建模步骤、计算参数设置等细节，很有借鉴价值，这些细节一般在通用的MS教程中是学不到的，而且借鉴之，也让你自己的论文有依据，当审稿人问你，为什么用某某建模方法、某某参数设置时，把文献列出来，大都是能让审稿人信服的。借鉴好的文献，就是站在巨人的肩膀上。

 

问题5：为了构建某晶体的晶胞结构，需要知道哪些信息？

答：构建某晶体的晶胞，以下信息缺一不可：第一，该晶体晶胞的空间群，这是晶胞的对称性信息；第二，该晶体晶胞的晶格常数，一共包括6个参数，其中长度参数3个：a、b、c；角度参数3个：α、β、γ；第三，该晶体晶胞中所有原子的三维空间坐标（x, y, z）。

 

问题6：从哪里可以获得构建晶体晶胞所需的全部信息？

答：对于常见的晶体（这也是最常见的情况），可根据晶体的种类，从以下经典的数据库获得其晶胞信息：a. 无机晶体：查ICSD*，小木虫中可获得的FindIt软件，就是该数据库的脱机版，建议下载该软件；b. 有机晶体：查CCDC提供的CSD**，小木虫中可获得的CCDC软件，就是该数据库的脱机版，同样建议下载该软件。所以，如果同时拥有FindIt和CCDC软件，即可获得大多数晶体的晶胞信息。不过，新近合成的晶体的晶胞信息，由于上述数据库的更新存在一定滞后性，在其中不一定能找到。此时，可试着从发表该晶体结构的学术论文上查找所需的晶胞信息（这类文献常直接提供晶体的cif文件）。需要说明的是，上述ICSD和CCDC中的晶胞信息，实际上，绝大多数也是来源于已经发表的文献（包括学术论文），对于常见的晶体，推荐直接使用这两个数据库，而不是检索文献，是因为这样做最为便捷。

最后，还有一个种特殊情况：自己合成了一种新的晶体，想构建它的晶胞结构怎么办？那只能自己培养单晶，做XRD解晶体了。

*注1：ICSD（The Inorganic Crystal Structure Database），无机晶体结构数据库

**注2：CCDC（The Cambridge Crystallographic Data Centre），剑桥大学晶体学数据中心；CSD（Cambridge Structural Database），剑桥大学结构数据库

 

问题7：为什么找到的晶胞信息中，其他原子的坐标信息均有，唯独H原子的坐标信息缺失？

答：这是一种常见的情况。这种情况常常出现在含有结晶水的晶体的晶胞信息中。出现这种H原子的坐标信息缺失的原因主要有两个：其一，我们都知道，H是元素周期表中第一个元素，H原子也是最轻的原子，相对于其他更重的原子，H原子的热运动更为剧烈，所以其在XRD测试时难以被捕捉到，难以确定其位置，最终导致其坐标信息的缺失；其二，测试条件、技术的限制，这种H原子的坐标信息缺失的情况，在年代较为久远的文献中，存在更普遍，原因之一就在于以前的仪器、技术条件没有现在发达、成熟。

 

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