【摘要】 第一步：计算完Bader电荷后，运行vaspkit，选择508，得到bader.pqr文件

上一次，我们讲解了如何通过第一性原理来计算Bader电荷，以及怎么分析Bader电荷数据，其ACF.dat结果如下图所示：

 

 

第一步：计算完Bader电荷后，运行vaspkit，选择508，得到bader.pqr文件；

 

第二步：将以上的bader.pqr文件导入VMD软件中，点击Graphics，选择Representation，如图1所示；

 

（图1）

 

在这个对话框里，分别在Draw style，Trajectory，Periodic部分里进行设置，如图2所示：

 

 

 

（图2）

 

其中：Coloring Method选择Charge；

 

Drawing Method选择VDW，也可以选择CPK，可以通过Sphere Scale改变原子大小；

 

Color Scale Date Range可以调节颜色的范围，可以自己设置，也可以自动设置；

 

Periodic可以扩展晶胞的大小，可以选择不同的方向。

 

第三步：在命令行窗口，输入以下命令，如图3所示，其中第一行是结构的晶格参数，根据自己的结构修改参数；

 

（图3）

 

也可以把以上命令放在bader.tcl格式的文件中，在命令行窗口输入命令：source bader.tcl。

 

第四步：在Display中，选择Orthographic，以及在Rendermode选择GLSL，如图4所示：

 

（图4）

 

第五步：最后，对图片进行渲染处理，具体操作见往期推文分子模拟||VMD图像保存实用教程。

 

得到了如图5所示的效果图，这就是按照Bader原子电荷来着色的原子结构图。

 

（图5）

 

在这个图中，蓝色是带负电，说明原子得到电子；而红色表示带正电，说明原子失去电子。图5所示的结构是H2O分子吸附在表面的结构，其中O原子带负电荷，得到电子；H原子带微量正电荷，失去电子。