【摘要】 分子模拟教程，VMD统计并绘制氢键

1）修改hbonds插件源代码输出原子编号

 

E:\Program Files(x86)\VMD\plugins\noarch\tcl\hbonds1.2\hbonds.tcld的hbonds插件源代码，在1062行后添加一行set newhbond [concat $d "-" $a]，将输出改为每个氢键涉及的氧原子，然后保存。

 

 

2）获取轨迹的氢键原子编号

 

Extension-analysis-Hydrogen Bonds，设置参数，selection是根据.gro文件中选择相应的原子（从0开始，需要减1）。

 

 

hbonds.dat: 每帧的氢键数目，第一列为帧号，第二列为氢键数目。

 

hbonds-details.dat: 所有氢键的供体，受体，占有率，内容类似如下：

 

 

3）将氢键原子编号整理为选择语句

将前一步得到的hbonds-details.dat中的氢键原子编号整理为选择语句，类似index 1730 or index 4689 or index 1709 or index 5118 or index 1684 or index 4698，即所有可能参与分子间氢键形成的氧原子的编号。

 

4）使用氢键模式显示选择的原子

 

以前一步的选择语句创建新的rep，并以HBonds模式显示。

 

 

5）统计两个原子之间的距离

 

在VMD窗口活动的情况下在小键盘上点击测定键长的快捷键“2”，依次点击需要确定距离的两个原子；

 

在VMD主菜单中的Graphics-labels；

 

将默认显示为“Atoms”的下拉菜单改成“Bonds”，此时，被测定的两个原子的信息会显示在显示框内，如“SER 387:CB SER387:OG”；

 

点击对话框中的“Graph”，可以看见“Graph”和“Save”两种选择：点击前者会显示距离图，点击后者会出现保存距离信息的提示。

 

 

参考链接：https://jerkwin.github.io/