【摘要】 我们使用MS来计算,一般是通过选择要用的模块,然后根据自己的需求,在对话框里设置计算参数(图1所示),然后运行计算。
我们使用MS来计算,一般是通过选择要用的模块,然后根据自己的需求,在对话框里设置计算参数(图1所示),然后运行计算。然而,我们并不能直观地看到我们的参数设置,有的时候因为一两个参数设置的忽略,导致我们计算的失败或者无效。
图1
如果我们可以把设置的参数写在一个文本里,是否就可以对计算的内容一目了然。在MS中,可以借用Perl脚本语言来解决这个问题。
Perl脚本语言为一种广泛应用的计算机语言,可以利用MS内含的Perl语言编辑器和Perl语言解释器进行脚本的编译和执行。本期推文主要向大家介绍Perl脚本的使用过程。
下面以Si在CASTEP中的优化为例进行说明:
首先,建立Perl脚本的操作如下:
得到一个Perl脚本:
先定义一个变量,说明我们是对Si这个结构进行计算:
my $system = $Documents{'Si.xsd'};
接着,按照一般的计算过程设置计算参数,在图1中的对话框设置,然后下拉Run,点击Copy Script,在Perl脚本中粘贴,这样就得到了Si优化晶格结构的脚本文件(图2所示);
图2
这样我们就可以直观地看到设置的计算参数。当然,我们也可以在perl脚本中直接编写这些设置参数,就不用在图1的对话框设置了。
最后,点击Run,进行计算。
以上只是perl脚本的结构优化设置,是不是觉得还没有直接计算方便。但是,当我们的计算更复杂或者不单一的时候,会发现用脚本进行计算可以更高效,更方便。
并且还有一些计算需要用到perl脚本,例如,在MS中进行重复性的计算,我们可以通过编写perl脚本,进行批量计算;也可以通过perl脚本,在MS中实现选择性的固定原子层,具体脚本详情可查看往期推文一文读懂如何在POSCAR中固定原子坐标?;通过perl脚本,进行合金结构的建模,具体脚本详情可查看往期推文Statistic Disorder—枚举合金结构工具的使用与注意事项。
本文所有内容文字、图片和音视频资料,版权均属科学指南针网站所有,任何媒体、网站或个人未经本网协议授权不得以链接、转贴、截图等任何方式转载。