【摘要】 AutoDock是一款开源的分子模拟软件，为科研工作者研究生物大分子（蛋白质）与小分子（配体）复合物的相互作用，提供了极大的便利。

AutoDock是一款开源的分子模拟软件，为科研工作者研究生物大分子（蛋白质）与小分子（配体）复合物的相互作用，提供了极大的便利。与AutoDock相比，AutoDock Vina显著提高了结合模式预测的平均准确性，通过下图AutoDock 4开发中使用的训练集测试可以看出[1]。本文简单介绍了如何分析AutoDock Vina对接后的氢键作用及相关作图。

 

 

1.载入对接结果

Analyze-Docking-Open AutDock vina result...载入对接结果，为方便观察，在弹出的对话框中选择载入模型的方式为“Single molecule with multiple conformations”，点击“确认”，可以看到窗口中能量最低的配体构象，通过键盘向右键，可以依次观察不同的对接结果；

 

 

2.载入受体

Analyze-Macromolecule-Open...载入受体

3.分析相互作用

Analyze-Docking-Show Interactions，可以看出受体的Lys16与配体形成了1个氢键，分别勾选“display pi-pi interactions”和“display pi-cation interactions”，可以显示是否形成pi-pi相互作用和pi-C相互作用；

 

 

4.保存配体

右键删除受体蛋白，File-Read Molecule-Write PDB，将符合要求的配体构象保存为PDB格式，用于Pymol作图；

 

 

5.合并受体和配体分子

打开Pymol，File-Open依次载入受体、配体分子，点击Receptor-Action-remove waters去除受体中的水分子，

 

 

File-Save Molecule…，同时选择受体和配体，保存为complex.pdb；

 

 

6.显示氢键

File-Open载入刚刚的复合物complex.pdb，点击Ligand-Action-Find-polar contacts-to other atom in object，

 

 

显示出如图的氢键作用，通过Show-labels，可显示出如图所示的氢键键长；

 

 

7.编辑氢键参数

在Externa GUI窗口的菜单栏中选择Setting-Edit All，可编辑各项参数值：

h_bond参数项，可更改氢键判断条件；

dash参数项，更改虚线的粗细、长度、颜色和间隔；

 

 

参考文献：[1] http://vina.scripps.edu/

 

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