【摘要】 对于核磁数据分析，残余偶极耦合(RDCs)是一个高分辨率的结构约束的例子，以取向在一个分子排列框架内的键。

核磁共振分析和其他生物物理技术收集的分子信息是生物分子结构和数据的分析和处理的必要步骤。许多工具可用于分析Ramachandran角，立体构型[1]，侧链旋光状态，静电学和分子中的其他特征的分布。

 

在许多情况下，这些工具独立工作，很难在分子结构的综合分析中一起运行。Molprobity软件包是一个专门研究晶体结构的通用结构分析工具。它包括一个网络界面，添加氢原子的分子结构进行分析，并确定分子内的立体构型。

 

在NMR结构的分析中，procheck-NMR使用Ramachandran角和χ1角异常值和NOE违规来评估NMR结构集合的质量。体积面积二面角报告角色塑造(VADAR)还包括排除体积、溶剂可接近表面积、氢键能和空间质量来评估结构。

 

蛋白质结构验证软件(PSVS)套件是集成许多现有工具的有用web界面的另一个例子，包括NMR蛋白质回忆，精确度和F-measure评分[2]，PROCHECK，Molprobity，validate3D和ProsaII验证生物分子结构。PSVS包括基于拉马钱德朗角、立体构型和其他结构特征的结构的全局质量测量的z分数。

 

同样，Resolution by Proxy (resrox) webserver使用大量的全局质量测量来分配结构的分辨率，基于具有可比较分辨率的结晶同源物，并且实现了结构与其相应的等效分辨率之间的高度相关性。

 

在结构数据的分析中，可以使用更专业的工具。对于核磁数据分析，残余偶极耦合(RDCs)是一个高分辨率的结构约束的例子，以取向在一个分子排列框架内的键。RDC数据的分析工具包括NMRPipe中的DC，残余偶极耦合分析工具(REDCAT)，结构对齐预测(PALES)和模块2。

 

这些工具确定与RDC数据最匹配的分子框架相关的有序张量，其中一些工具具有有用的附加功能，例如REDCAT的误差和动力学分析，模块2中与分子框架相关的有序张量的可视化，或者在PALES中预测空间排列张量。这些工具分析RDC数据适合给定结构的程度。然而，他们的工作独立于其他结构分析，这必须单独进行。

 

  • Chen VB et al (2010) MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66:12–21
  • Huang YJ, Powers R, Montelione GT, Protein (2005) NMR recall, precision, and F-measure scores (RPF scores): structure quality assessment measures based on information retrieval statistics. J Am Chem Soc 127:1665–1674

 

科学指南针通过互联网技术建立更可靠的服务标准，全国拥有31个办事处，20个自营实验室，最好的设备、最专业的老师为您服务。

 

免责声明：部分文章整合自网络，因内容庞杂无法联系到全部作者，如有侵权，请联系删除，我们会在第一时间予以答复，万分感谢。