【摘要】 免疫共沉淀与质谱联用 (Co-IP/MS) 是一种极其强大的分析技术，在 PPI 研究中识别蛋白质复合物、辅助因子和信号分子方面发挥着关键作用。

系统生物学的许多研究都集中在识别和表征蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI)。免疫共沉淀与质谱联用 (Co-IP/MS) 是一种极其强大的分析技术，在 PPI 研究中识别蛋白质复合物、辅助因子和信号分子方面发挥着关键作用。

 

在过去 20 年中，Co-IP/MS 方法已从多步分离程序（例如串联亲和纯化）发展到单步方案提高评估低亲和力 PPI 的灵敏度、稳健性和能力。尽管有这些改进，基本方法仍然没有改变，并且依赖于使用针对蛋白质复合物中存在的靶蛋白的特异性抗体。使用这些亲和试剂，捕获免疫复合物并使用质谱法鉴定相互作用的蛋白质。

 

虽然有数千种市售抗体，并且大量研究工作致力于对这些抗体进行分类，但并非所有亲和试剂都适合 Co-IP 或适用于所有蛋白质。

 

FLAG Co-IP/MS 实验的总离子色谱图[1]在 16.0 分钟和 26 分钟之间的色谱图中可以看到三个主峰。后面的 TIC 峰主要由少数高电荷离子主导，对应于 3× FLAG 肽的多电荷种类 - MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK（2+、3+、4+、5+ 和 6+）。

 

早期的 TIC 峰由 3× FLAG 肽的许多修饰或截短版本组成，例如氧化蛋氨酸、胰蛋白酶裂解产物 (MDYYK↓DHDGDYKDHDIDYKDDDDK) 以及这些胰蛋白酶肽的氧化形式。这些高丰度肽通常在 10 分钟洗脱窗口内与其他胰蛋白酶肽共洗脱。

 

该结果代表了大部分 Co-IP/MS 实验，其中检测到的最丰富的离子是作为测定本身的副产物引入的，并且不对应于由相互作用的蛋白质产生的肽。

 

[1] P.C. Havugimana, G.T. Hart, T. Nepusz, H. Yang, A.L. Turinsky, Z. Li, P.I. Wang, D.R. Boutz, V. Fong, S. Phanse, M. Babu, S.A. Craig, P. Hu, C. Wan, J. Vlasblom, V.U. Dar, A. Bezginov, G.W. Clark, G.C. Wu, S.J. Wodak, E.R. Tillier, A. Paccanaro, E.M. Marcotte, A. Emili A census of human soluble protein complexes Cell, 150 (5) (2012), pp. 1068-1081.

 

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